南部县境属《尚书·禹贡》九州中的梁州，东周末为秦国巴郡地。西汉高帝元年（前206年）置充国县，为巴郡11县之一，治地在今县城西大桥镇东北14千米，南部县境属充国县。东汉初并入阆中县，和帝永元二年（90年）复置；献帝初平四年（193年）又分充国县置南充国县，为巴郡所辖15县之一。分置南充国县后，充国县在西，后称西充国县。建安六年（201年），刘璋改原巴郡为巴西郡，西、南二充国县均隶巴西郡。

南朝宋元嘉八年（431年），在原巴西郡地建立北巴西郡，又改南充国县为南国县、西充国县为西国县，同属北巴西郡。

梁武帝天监二年（503年），改南国县为南部县，仍属北巴西郡；天监八年（509年），于北巴西郡置南梁北巴州。大同年间（535—546年），州、郡、县建置变革纷繁：在南部县设置南部郡（领县一，郡、县治地均在今南部县城）；又分金迁戍地置金迁郡，并置郡辖金匮县（郡、县治地均在今升钟镇桥坝头村）；改掌天戍地为掌天郡及郡辖西水县（郡、县治地均在今太霞乡境内）；复改西国县为西充国县，并于县置木兰郡。南部、金迁、掌天、木兰4郡皆隶南梁北巴州。

西魏废帝二年（553年），改南梁北巴州为隆州，改北巴西郡为盘龙郡（州、郡治今阆中市），改南部郡为新安郡，隆州新安郡仍领南部一县。又将木兰、掌天二郡并入金迁郡，改西充国县为晋城县，改金匮县为晋安县，晋城、晋安、西水3县皆属金迁郡。

北周孝闵帝元年（557年），省新安郡，南部县属盘龙郡。

隋开皇三年（583年），推行州、县二级制，悉罢全国诸郡。罢金迁郡，以地属隆州（治今阆中市）；省晋安县入晋城县，移治晋安坝（今升钟镇桥坝头村）。其时，南部、晋城、西水3县皆隶隆州。大业元年（605年），西水县因水毁，治徙彭定故宅（今西水镇境内）。是年，罢隆州置巴西郡，南部、晋城、西水3县遂为巴西郡所辖。

唐武德元年（618年），改巴西郡为隆州，为避太子讳改晋城县为晋安县。是年又析南部、晋安2县地置新井县（治今大桥镇附近）；武德四年（621年），析南部、相如2县地置新城县，后避太子讳更名新政县（治今仪陇县新政镇）。南部、晋安、新井、西水5县均隶隆州。先天元年（712年），为避玄宗讳，改隆州为阆州，辖县不变。

宋真宗咸平四年（1001年），在今四川地区置益、梓、利、夔四路，利州路仍置阆州阆中郡，领南部、晋安、新井、西水诸县。神宗熙宁四年（1071年），省晋安为镇入西水。南宋理宗淳祐二年（1242年），蒙军南下，南部县治徙跨鳌山。

元至元二十年（1283年），新井、西水、新政3县并入南部县，南部县成为多县合一的大县。至此，南部县四周邻县是：东界相如、营山两县，南界西充、南充两县，西邻普安〔今剑阁，明洪武六年（1373年）并入剑州〕，北邻阆中，东北与仪陇接壤，西南与盐亭相连。元末明玉珍据蜀建大夏政权，南部县隶属未变。

明洪武四年（1371年），南部县治迁还旧址；明洪武十年（1377年），南部县并入阆中县，明洪武十三年（1380年）又复置，仍隶保宁府。

明嘉靖《保宁府志》载：“南部县去府（保宁府）七十里，四境之内，东西广二百三十里，南北宽一百一十五里。东至仪陇县界石头市八十里，南至南充县界大石口一百二十里，西至盐亭县寨垭铺一百五十里，北至阆中县银井铺三十五里。”

清代沿明朝旧制。

民国三年（1914年），南部县隶属嘉陵道；民国二十四年（1935年），隶属四川省第十一行政督察区（治今南充）。民国二十二年至二十四年（1933—1935年），川陕苏区成立中共阆南县苏维埃和德丰县苏维埃政权，其时，南部县境红、白两个政权同存。民国二十四年4月下旬，红军离开南部县。

1949年12月至1969年1月，南部县隶属南充专区；1969年1月至1993年7月，南部县隶属南充地区；1993年7月后，南部县隶属南充市。

2021年底，全县辖38个乡（镇）、4个街道。县政府驻蜀北街道，县行政中心位于县城金葫路8号。县城规划区面积50平方千米，县城建城区面积33.5平方千米。南部县辖区乡镇、街道为：蜀北街道、滨江街道、满福街道、南隆街道、老鸦镇、楠木镇、永定镇、碑院镇、长坪镇、五灵乡、盘龙镇、谢河镇、石河镇、石龙镇、东坝镇、八尔湖镇、河坝镇、王家镇、铁佛塘镇、富利镇、定水镇、大王镇、黄金镇、建兴镇、三官镇、流马镇、大河镇、大桥镇、宏观乡、万年镇、伏虎镇、双佛镇、花罐镇、小元乡、升钟镇、西水镇、升水镇、大坪镇、双峰乡、太霞乡、桐坪镇、神坝镇。