筠连县历史悠久，旧石器时代，县境即有人类活动。秦统一六国，县境属“巴蜀西南外蛮夷地”一隅。

唐武后时置筠州，领盐水、筠山、罗余、临居、澄澜、临昆、唐川、寻源8县。又置连州，领当为、都宁、逻游、罗龙、加平、清坎6县。后又置定州，领扶德、支江2县。该等州县均为羁縻。县境属剑南道（道治今成都市）戎州都督府（治今宜宾市）。北宋末，羁縻筠州、连州，属潼川府路（原梓州路）叙州府。元世祖至元十五年（1278年）合筠州、连州而置筠连州，领腾川县（县治今筠连镇）。

明洪武四年（1371年）改筠连州为筠连县，改设流官，属叙州路。明洪武十年（1377年）降高州为高县，将筠连县、珙县并入高县。明洪武十三年（1380年）复置筠连县、珙县，直隶叙州府。明正德十三年（1518年）复置高州，领筠连、珙县2县。清朝，筠连纳入清朝统治。1935年，四川省设十八个行政督察区，筠连县境属四川省第六行政督察区（治今宜宾市）。

1950年1月，分四川为川东、川西、川南、川北4个行政公署，县境属西南大区（驻重庆市）川南行署宜宾专区。1952年9月1日，恢复四川省，县境属四川省宜宾专区。1953年8月，高县第四区（区治沐爱场）、第五区（区治落木柔场）、第七区（区治蒿坝场）划入筠连县。1968年8月，宜宾专区改为宜宾地区，县境属四川省宜宾地区。1996年10月，经国务院批准撤区设地级市，县境属宜宾市。