1231年，秦九韶考中进士，先后担任县尉、通判、参议官、州守、司农、寺丞等职。在政务之余，秦九韶广泛搜集历学、数学、星象、音律、营造等资料进行分类研究。1244—1247年，写成闻名中外的巨著《数学九章》。其中的大衍求一术（一次同余方程组问题的解法，也就是现在所称的中国剩余定理）、三斜求积术和秦九韶算法（高次方程正根的数值求法今北京），是有世界意义的重要贡献。

秦九韶父亲秦季栖，进士出身，官至工部郎中、秘书少监。秦九韶性敏慧，勤奋好学，幼年随父居中都（今北京），受到名师指导，学习日益增进。及长，随父迁湖州（今浙江吴兴县），在西门外修建住房，秦九韶设计施工，堂分7间，后为列室，仅中堂1间，纵横7丈，极其宏伟宽敞，显示出他在建筑方面的才能。

1244—1247年间，秦九韶在为母守孝的同时，把长期积累的数学知识和研究所得加以编辑，写成闻名中外的巨著《数学九章》。早在汉、魏之间的《孙子算经》一书，提出了一个有名的数论科学算题，即某数除8余7，除5余3，除7余2，求某数。当时虽已求出得数为23，但未从理论上阐明。秦九韶在解这个算题时，创造了“大衍求1术”（整数论中的一次同余式求解法），不仅在当时处于世界领先地位，在近代数学和现代电子计算设计中，也起到重要的作用，被称为“中国剩余定理”。他所论的“正负开方术”（数学高次方程根法），被称为“秦九韶程序”。现在世界各国从小学、中学到大学的数学课程，几乎都接触到他的定理、定律和解题原则。

秦九韶在数学方面的成果，比英国数学家取得的成果要早800多年。当时秦九韶曾把《数学九章》推荐给南宋朝廷，希望得到重视和推广。由于朝廷昏庸无能，官场勾心斗角，得不到重视。秦九韶抑郁成疾，于1261年病逝梅州，终年59岁。